Trigueros

Tampón de borato de sodio

Ivan Muñoz — Sun, 28 Sep 2025 18:19:12 +0000

MÉTODOS

TAMPÓN DE BORATO DE SODIO (SB)

En la electroforesis de ADN, la elección del tampón (buffer) o medio conductor es crítica y tiene consecuencias en el rendimiento, la resolución de los fragmentos y el costo económico y de tiempo. El tampón de borato de sodio (SB) posibilita una corrida electroforética más rápida a voltaje más alto y con menor producción de calor que los sistemas basados en Tris. Un medio conductor basado en sodio con borato como contraión provee mejor resolución que Tris borato EDTA (TBE) y Tris acetato EDTA (TAE).

La electroforesis de ADN y ARN ha cambiado poco a partir de la de proteínas, la misma, está restringida por TAE y TBE que generan costos superiores, producción de calor en exceso y limitaciones de voltaje y velocidad en las corridas. Tris fue establecido como el catión de uso en electroforesis, incluye EDTA que persiste en protocolos para ADN de forma innecesaria. El EDTA debería prevenir la desnaturalización, pero su contenido de sodio es parcialmente responsable de aquella. Los investigadores se refieren a los medios conductores como tampones, Tris y borato son tampones electroforéticos, pero el acetato no lo es. El término tampón en electroforesis de ADN no es un asunto de tamponamiento, sino un tema de distribución del campo eléctrico durante un periodo de tiempo. Se confunde el concepto de medio conductor con el de tampón (Brody y Kern, 2004a).

Imagen: Laboratory Equipment in Science Research Lab de Olivier Le Queinec

A voltaje constante TAE y TBE producen un bucle de retroalimentación positiva elevando la temperatura y la conductividad del medio conductor durante la electroforesis, los iones de sodio y la alta cantidad de iones Tris generan un exceso de corriente e imposibilitan correr geles a voltajes altos. El calor causa difusión de la muestra, convección, desnaturalización, y afecta la integridad del gel. Debido al agotamiento iónico rápido, los medios con cloruro de sodio producen una barrera salina asociada a una zona de deformidad en la movilidad en el gel. El cloruro de baja molaridad es adecuado para la resolución del ADN, pero no mitiga el bucle de retroalimentación.

Al incluir un anión no cloruro, otros aniones previenen la barrera salina sin requerir de un reservorio más grande o de recirculación del medio. Un anión excepcional es el borato de sodio, funciona muy bien en casi todas las condiciones electroforéticas para tamaños de fragmentos de ADN de 20 a 3.000 pb según el fabricante (Faster Better Media LCC). Puede ser corrido a tres o cinco veces la velocidad de TAE o TBE debido a su bajo calentamiento (Brody y Kern, 2004a). Al disminuir la corriente en el tiempo se evidencia que un electrolito migró tanto que no puede transportar corriente desde un electrodo al otro, SB presenta un agotamiento de electrolitos a voltaje constante a las 3 horas frente a TAE y TBE que presentan agotamiento de electrolitos en 1 hora de corrida. El ácido bórico del medio puede ser usado para corridas más largas sin recirculación.

SB puede mitigar el bucle de retroalimentación positiva. También permite mejor control de temperatura, portabilidad y conveniencia al reducir los requisitos de tensión y amperaje, mejor tasa de agotamiento de electrolitos y menor necesidad de disipar el calor (Brody y Kern, 2004b).

Tampón SB 20x - pH8

H₂O bidestilada: 800 ml

Hidróxido de sodio (NaOH): 8 g

Ácido Bórico (H₃BO₃): 45 g

1. Preparar 800 ml de H₂O bidestilada en un contenedor.

2. Agregar 8 g de NaOH.

3. Agregar 45 g de H₃BO₃ y mezclar hasta disolver totalmente los sólidos.

4. Ajustar el pH hasta 8 – 8,3 con ácido bórico o hidróxido de sodio.

5. Llevar la solución a 1 litro agregando H₂O bidestilada.

Referencias

Brody, J. R., & Kern, S. E. (2004a). History and principles of conductive media for standard DNA electrophoresis. Analytical Biochemistry, 333(1), 1–13. https://doi.org/10.1016/j.ab.2004.05.054
Brody, J. R., & Kern, S. E. (2004b). Sodium boric acid: a Tris-free, cooler conductive medium for DNA electrophoresis. BioTechniques, 36(2), 214–216. https://doi.org/10.2144/04362bm02
FBM Products Fast Agarose DNA Gels Lithium Sodium Borate Electrophoresis. (2025). Fasterbettermedia.com. http://fasterbettermedia.com/products.html

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Población Trigos Primaverales UCDavis

Ivan Muñoz — Tue, 03 Sep 2024 01:32:41 +0000

MAPEO GENÉTICO

Población Trigos Primaverales UC Davis

Esta población de mapeo por asociación fue desarrollada por el laboratorio del Dr. Jorge Dubcovsky (UC Davis EE. UU.). Los resultados mostrados en esta página son los obtenidos y publicados por Franco et al (2022).

Información de la colección:

Una colección de 245 líneas primaverales de trigo pan de varios programas de mejoramiento fue utilizado para el análisis GWAS. Este panel incluyó variedades insensibles al fotoperiodo, lo cual proporciona una muy buena adaptación de todos los genotipos a las condiciones de cultivo en Argentina. Esta colección incluyó 69 genotipos del CIMMYT, 42 de la Universidad de California en Davis (UCD), 26 de la Universidad de Idaho (UIA), 19 de la Universidad de Minnesota (UMN), 15 de la Universidad Estatal de Washington (WAS), 12 de la Universidad Estatal de Dakota del Sur (SDSU) y 62 accesiones de otros programas de mejoramiento de EE. UU. y otros 14 países (Zhang et al., 2018).

Tipo de Población: Mapeo por Asociación

Tamaño de la Población: 245 genotipos

Origen: UC Davis, EE. UU. Responsable de la población: Jorge Dubcovsky

Plataforma de genotipado: Infinium wheat SNP 90K iSelect assay (Illumina Inc., San Diego, CA, EE. UU.) desarrollado por el International Wheat SNP Consortium (Wang et al., 2014).

Estructura de la población

La estructura genética de la población fue investigada utilizando el software STRUCTURE 2.3.4 (Pritchard et al., 2000) y análisis de componentes principales (PCA) con el paquete ade4 en R (Dray y Dufour, 2007). Como resultado, cuatro subpoblaciones fueron determinadas como las más representativas de la estructura de la población (Fig. 1).

Figura 1: Análisis de la estructura en el panel de mapeo por asociación de trigo pan. a) El análisis de estructura mostró cuatro sublpoblaciones hipotéticas representadas por diferentes colores. b) Los dos primeros componentes (PC1 y PC2) de un análisis de componentes principales de las entradas de trigos primaverales codificados por colores según el programa de mejoramiento (adaptado de Zhang et al., 2018). c) Árbol filogenético Neighbor joining mostrando las subpoblaciones correspondientes al análisis de estructura.

Caracteres fenotipificados en la población:

Resistencia de plántula frente a roya amarilla:

IT: Tipo de infección (evaluada frente a dos razas: Yr19-71 y Yr20-161)

Resistencia de planta adulta:

DS: Severidad de la enfermedad

AUDPC: Área bajo la curva de progreso de la enfermedad

Análisis de asociación
Los análisis GWAS se realizaron utilizando 22.226 SNP informativos en el conjunto de los 245 genotipos. Los análisis se llevaron a cabo mediante el software R (2020) con el paquete GAPIT 3 (Genomic Association and Prediction Integrated Tool v3) (Wang y Zhang, 2021). El método utilizado fue BLINK (Bayesian- information and linkage-disequilibrium iteratively nested keyway) (Huang et al., 2019).
Para reducir asociaciones espurias se utilizó la estructura de la población como covariable en el modelo. Para minimizar la probabilidad de asociaciones falsas positivas entre marcadores y rasgos, los loci de asociación significativos se consideraron a un valor ajustado de P < 0.01 en el genoma, basado en el método de corrección múltiple False Discovery Rate (FDR) (Storey y Tibshirani, 2003). En la Figura 2 y Tabla 1 se presentan aquellos marcadores SNP significativamente asociados que satisficieron estos criterios.

Resultados del análisis GWAS de la población

Figura 2: Gráficos circulares de Manhattan para la resistencia a la roya estriada en la colección de 245 genotipos de trigo pan evaluados para a) Resistencia en plántulas (dentro: tipo de infección -IT- para la raza Yr19-71; fuera: IT para Yr20-161) y b) Resistencia de planta adulta (dentro: severidad de la enfermedad –DS-; fuera: área bajo la curva de progreso de la enfermedad -AUDPC. Los SNP asociados están representados con estrellas rojas.

Tabla 1. SNP asociados significativamente con la Resistencia de plántula a la roya estriada en la colección de trigo pan.

Carácter	Cromosoma	SNP	Posición Física	Alelo *	Valor P	FDR ajustado	R^2
IT (Yr19-71)	1B	Tdurum_contig11004_688	62487859	C/T	5,02E^-15	1,27×10^-10	32,62
IT (Yr20-161)	1B	Tdurum_contig44861_581	28019260	C/A	1,59E^-07	1,01 x10^-03	16,48
	2A	BobWhite_c4517_120	755790846	A/G	7,64E^-07	3,23 x10^-03	6,59
	3A	Excalibur_rep_c103091_266	79761951	C/T	2,14E^-08	3,29 x10^-04	8,34
	5B	wsnp_Ex_c33932_42333941	12898000	A/G	6.79E^-07	3,23 x10^-03	1,99

* El alelo favorable se muestra subrayado.

Tabla 2. SNP asociados significativamente con la Resistencia de plántula a la roya estriada en la colección de trigo pan.

Carácter	Cromosoma	SNP	Posición Física	Alelo *	Valor P	FDR ajustado	R^2
DS	3B	wsnp_Ku_c33335_42844594	71871162	A/G	2,26E^-07	2,86×10^-03	13,40
DS	7A	wsnp_Ex_c20062_29096408	96809079	T/C	8,10E^-08	2,052×10^-03	7,67
AUDPC	3B	CAP12_rep_c7064_56	43970547	T/C	1,47E^-08	1,864×10^-04	8,15
	3B	wsnp_Ku_c33335_42844594	71871162	A/G	4,06E^-08	3,428×10^-04	14,01
	7A	wsnp_Ex_c20062_29096408	96809079	T/C	5,81E^-10	1,472×10^-05	7,79

* El alelo favorable se muestra subrayado.

Referencias

Dray, S., & Dufour, A. (2007). The ade4 Package: Implementing the duality diagram for ecologists. Journal of Statistical Software, 22(4), 1-0. https://doi.org/10.18637/jss.v022.i04
Franco, M. F., Polacco, A. N., Campos, P. E., Pontaroli, A. C., & Vanzetti, L. S. (2022). Genome-wide association study for resistance in bread wheat (Triticum aestivum L.) to stripe rust (Puccinia striiformis F. Sp. tritici) races in Argentina. BMC Plant Biology, 22(1), 543. https://doi.org/10.1186/s12870-022-03916-y
Huang, M., Liu, X., Zhou, Y., Summers, R. M., & Zhang, Z. (2018). BLINK: A package for the next level of genome-wide association studies with both individuals and markers in the millions. GigaScience, 8(2). https://doi.org/10.1093/gigascience/giy154
Pritchard, J. K., Stephens, M., & Donnelly, P. (2000). Inference of population structure using Multilocus genotype data. Genetics, 155(2), 945-959. https://doi.org/10.1093/genetics/155.2.945
Storey, J. D., & Tibshirani, R. (2003). Statistical significance for genomewide studies. Proceedings of the National Academy of Sciences, 100(16), 9440-9445. https://doi.org/10.1073/pnas.1530509100
Wang, J., & Zhang, Z. (2021). GAPIT version 3: Boosting power and accuracy for Genomic association and prediction. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 19(4), 629-640. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2021.08.005
Wang, S., Wong, D., Forrest, K., Allen, A., Chao, S., Huang, B. E., Maccaferri, M., Salvi, S., Milner, S. G., Cattivelli, L., Mastrangelo, A. M., Whan, A., Stephen, S., Barker, G., Wieseke, R., Plieske, J., Lillemo, M., Mather, D., & Akhunov, E. (2014). Characterization of polyploid wheat genomic diversity using a high‐density 90 000 single nucleotide polymorphism array. Plant Biotechnology Journal, 12(6), 787-796. https://doi.org/10.1111/pbi.12183
Zhang, J., Gizaw, S. A., Bossolini, E., Hegarty, J., Howell, T., Carter, A. H., Akhunov, E., & Dubcovsky, J. (2018). Identification and validation of QTL for grain yield and plant water status under contrasting water treatments in fall-sown spring wheats. Theoretical and Applied Genetics, 131(8), 1741–1759. https://doi.org/10.1007/s00122-018-3111-9

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Rht25

Ivan Muñoz — Fri, 21 Jul 2023 20:05:00 +0000

MARCADORES

Rht25

La altura de la planta es un carácter agronómico importante que posee un impacto significativo en el rendimiento, como lo demuestra el efecto positivo de los alelos enanos para el gen Rht1 sobre el vuelco e índice cosecha en las variedades liberadas durante la “Revolución Verde”. Sin embargo, estos alelos insensibles al ácido giberélico (AG) también reducen la longitud del coleóptilo, la producción de biomasa y el potencial de rendimiento en determinados ambientes lo que desencadena buscar genes de enanismo sensibles a AG alternativos.

En este sentido, el gen Rht25 que fue mapeado en el cromosoma 6A utilizando datos fenotípicos de Argentina (Mo et al., 2018) y fue recientemente clonado posicionalmente y designado como PLATZ-A1 (TraesCS6A02G156600) (Zhang et al., 2023) ofrece una oportunidad de ampliar la oferta genética para el control de este carácter.

Variantes alélicas detectadas a nivel mundial

Rht25a: alelo normal, fenotipo alto^(*).
Rht25b: deleción de 13 pb en el exón 3 (-17.7 cm)^(*).
Rht25c: deleción de 19 pb en el exón 3 (-2.8 cm).
Rht25d: mutaciones en el sitio de splicing en inicio del exón 3 (-9.9 cm) ^(*)^(**).
Rht25e: deleción de 4 pb en el tercer exón (-5.4 cm)
Rht25f: inserción de 384 pb en la región del promotor (ns respecto alelo Rht25a) ^(*).

^(*) Alelos detectados en el germoplasma argentino

^(**) Para diferenciar el alelo Rht25d se necesita digerir los productos de PCR con la enzima Sau96I y separados en el mismo tipo de gel.

Para el marcador PCR/CAPS, los productos de amplificación son visualizados en geles de acrilamida al 6% teñidos con bromuro de etidio. A)- La punta de flecha verde marca el fragmento de ADN de 216 pb perteneciente a los alelos Rht25a, Rht25d o Rht25f (calles 1, 2, 3, 8, 10, 12 y 13). La punta de flecha celeste marca el fragmento de 203 pb perteneciente al alelo enano Rht25b (calles 4, 5, 6, 7, 9 y 11). B)- Luego de la digestión con Sau96I la punta de flecha verde indica el fragmento de 216 pb perteneciente a los alelos Rht25a o Rht25f mientras que la punta de flecha azul indica el fragmento de 194 pb perteneciente al alelo enano Rht25d.

Para el marcador del alelo Rht25f, de inserción en el promotor, los productos de amplificación son visualizados en geles de agarosa al 2% teñidos con bromuro de etidio. C)- La punta de flecha verde marca el fragmento de ADN de 157 pb perteneciente al alelo Rht25a (calles 1, 2, 4, 5, 6, 7, 9 y 10) y la punta de flecha violeta marca el fragmento de 541pb perteneciente al alelo Rht25f (calles 3 y 8)

Marcador PCR / CAPS para las variantes en la región codificante Rht25a, b, c, d, e

Primers:

PLTZ-A_CAPS_F 5′- TGT ATA TGC ATG TGT GTC TCA GC -3′

PLTZ-A_CAPS_R 5′- CCG ACG GGA CAA TTA GGC -3′

Marcador para el alelo Rht25f (inserción en la región del promotor)

Primers:

platz6A-CDC-F1 5′-CAC ATC TAC ATA CAT CCC CAT CC-3′

platz6A-CDC-F1 5′-GCA ATT CTC CTC TTG GTT GGT C-3′

Concentración final de productos utilizados en las reacciones de PCR:

1X Taq buffer (libre de Mg); dNTP: 200 µM c/u; MgCl₂: 3.0 mM; primers: 0.2 µM c/u; Taq: 1 U; ADN genómico: 50-100 ng/reacción; Volumen final: 25 µl

Programa de PCR:

Desnaturalización: 94 °C, 4 min; Amplificación (40 ciclos); 94 °C 45 seg, 55 °C 45 seg, 72 °C 45 seg; Extensión: 72 °C 15 min

Caracterización de la Variabilidad Genética presente en Variedades Argentinas de Trigo.

Rht25	Variedad
a	ACA 901, ACA 903B, ACA 906, BAGUETTE 18, BIOINTA 1001, BIOINTA 1002, BIOINTA 1003, BIOINTA 1005, BIOINTA 1006, BUCK BAQUEANO, BUCK BIGUA, BUCK HUANCHEN, BUCK NAPOSTA, BUCK PINGO, BUCK PRONTO, DM AREX, KLEIN 32, KLEIN ATLAS, KLEIN BRUJO, KLEIN CACIQUE, KLEIN CAPRICORNIO, KLEIN CASTOR, KLEIN CHAJA, KLEIN DONENRIQUE, KLEIN GAVILAN, KLEIN RAYO, KLEIN RENDIDOR, KLEIN TAURO, KLEIN YARARA, KLEIN ZORRO, LE 2341, OLAETA ARTILLERO
b	ACA 223, ACA 801, ACA 907, BAGUETTE 30, BIOINTA 1004, BIOINTA 2004, BIOINTA 3003, BIOINTA 3005, BUCK 75 ANIVERSARIO, BUCK BRASIL, BUCK PUELCHE, DM ATLAX, DM CRONOX, DM ONIX, DM THEMIX, INIA CHURRINCHE, INIA TORCAZA, KLEIN PANTERA, KLEIN PROTEO, LE 2330, LE 2333, MARCOS JUAREZ INTA, PROINTA GRANAR
d	BAGUETTE 10, BAGUETTE 19, BAGUETTE 21, BAGUETTE 31, BAGUETTE 9, BAGUETTE P. 11, SY 100, SY 200, SY 300
f	362, 365, 55CL, ACA 201, ACA 202, ACA 308, ACA 320, ACA 360, ACA 602, ACA 604, ACA 917, ALAMO, BARLETTA 77, BIOINTA 1000, BIOINTA 2001, BIOINTA 3004, BUCK AGP FAST, BUCK CHACARERO, BUCK GUAPO, BUCK MALEVO, BUCK MANGRULLO, BUCK METEORO, BUCK MUTICIA, BUCK NORTEÑO, BUCK RANQUEL, BUCK TAITA, INIA CENTINELA, INIA CONDOR, KLEIN CARPINCHO, KLEIN CENTAURO, KLEIN ESCORPION, KLEIN GEMINIS, KLEIN GLADIADOR, KLEIN IMPACTO, KLEIN LEON, KLEIN MINERVA, KLEIN NUTRIA, KLEIN TIGRE, LE 2331, MS INTA 415, PROINTA ELITE

a = alelo alto, b = alelo enano, d = alelo enano, f = alelo alto

Aclaración: Los datos de la caracterización molecular aquí mostrados pueden contener variaciones según el origen de las semillas utilizadas, se recomienda utilizarlos de manera orientativa.

Referencias

Mo, Y., Vanzetti, L. S., Hale, I., Spagnolo, E. J., Guidobaldi, F., Al-Oboudi, J., Odle, N., Pearce, S., Helguera, M., & Dubcovsky, J. (2018). Identification and characterization of Rht25, a locus on chromosome arm 6AS affecting wheat plant height, heading time, and spike development. Theoretical and Applied Genetics, 131(10), 2021-2035. https://doi.org/10.1007/s00122-018-3130-6
Zhang, J., Li, C., Zhang, W., Zhang, X., Mo, Y., Tranquilli, G. E., Vanzetti, L. S., & Dubcovsky, J. (2023). Wheat plant height locus RHT25 encodes a PLATZ transcription factor that interacts with DELLA (RHT1). Proceedings of the National Academy of Sciences, 120(19). https://doi.org/10.1073/pnas.2300203120

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GW2-A1

Ivan Muñoz — Thu, 23 Mar 2023 19:19:44 +0000

MARCADORES

GW2-A1

Su et al. (2011) desarrollaron un marcador molecular CAPS que permite detectar las variantes alélicas del gen GW2-A1.
En primer lugar, se utiliza un conjunto de primers específicos para el genoma A Hap-6A-P1, para amplificar un fragmento de 949 pb de GW2-A1. Luego, un segundo par de primers Hap-6A-P2 fue diseñado para una segunda PCR donde se obtiene un producto de 418 pb. Por último, el producto de la segunda PCR se digiere con la endonucleasa TaqI, y se puede observar un polimorfismo de longitud de 167 pb (GW2-A1-A) vs., 218 pb (GW2-A1-G).

El alelo GW2-A1-G está asociado a un mayor peso de grano, mientras que el alelo GW2-A1-A está presente en variedades de peso de grano más pequeño (Zhang et al., 2013).

Productos de PCR separados en electroforesis en geles de agarosa al 2%.
Los productos de PCR son visualizados en geles de agarosa al 2% teñidos con bromuro de etidio.
La punta de flecha roja (calles 1, 2, 3 y 4) marca el fragmento de ADN de 218 pb perteneciente al alelo GW2-A1-G. La punta de flecha verde (calles 5, 6 y 7) marca el fragmento de 167 pb perteneciente al alelo GW2-A1-A. La punta de flecha amarilla señala el fragmento de 500 pb del marcador de peso molecular de 100 pb (Biodynamics).

Primers:

Las secuencias son las siguientes (Su et al., 2011):
Hap-6A P1
Hap-6A P1F: 5´ -CGT TAC CTC TGG TTT GGG TGT CGT G-3’ ;
Hap-6A P1R: 5’ -CAC CTC TCG AAA ATC TTC CCA ATT A-3’ .

Hap-6A-P2
Hap-6A-P2F: 5’ – GAG AAA GGG CTG GTG CTA TGG A-3’ ;
Hap-6A-P2R: 5’ – GTA ACG CTT GAT AAA CAT AGG TAA T-3’

Concentración final de productos y programa de primer PCR:

1X Taq buffer (libre de Mg); dNTP: 200 µM c/u; MgCl₂: 1.5 mM; primers: 0.2 µM c/u; Taq: 1 U; ADN genómico: 50 – 100 ng/reacción; Volumen final: 25 µl
Desnaturalización: 94 °C, 5 min; Amplificación (40 ciclos); 94 °C 45 seg, 55 °C 45 seg, 72 °C 45 seg; Extensión: 72 °C 5 min.

Concentración final de productos y programa de segunda PCR:

1X Taq buffer (libre de Mg); dNTP: 200 µM c/u; MgCl₂: 1.5 mM; primers: 0.2 µM c/u; Taq: 1 U; como templado se adicionaran 2 µl de la primera PCR ; Volumen final: 25 µl
Desnaturalización: 94 °C, 4 min; Amplificación (40 ciclos); 94 °C 45 segundos, 50 °C 45 segundos, 72 °C 45 segundos; Extensión: 72 °C 15 min
Programa de digestión: 10 µl de producto de la segunda PCR + 4 µl ddH₂O + 1U enzima TaqI a 65 °C durante 2 horas.

Caracterización de la Variabilidad Genética presente en Variedades Argentinas de Trigo.

GW2-A1	Variedad
G	362, 365, 55CL, 915, 916, 920, ACA 201, ACA 202, ACA 308, ACA 320, ACA 360, ACA 602, ACA 604, ACA 608, ACA 901, ACA 906, ACA 917, ALAMO, ALHAMBRA, BAGUETTE 10, BAGUETTE 18, BAGUETTE 19, BAGUETTE 21, BAGUETTE 31, BAGUETTE 450, BAGUETTE 620, BAGUETTE 680, BAGUETTE 750, BAGUETTE 9, BAGUETTE P. 11, BARLETTA 77, BASILIO, BIOCERES 1008, BIOINTA 1000, BIOINTA 1001, BIOINTA 1002, BIOINTA 1003, BIOINTA 1004, BIOINTA 1005, BIOINTA 1006, BIOINTA 2001, BIOINTA 2004, BIOINTA 3003, BIOINTA 3004, BIOINTA 3005, BUCK AGP FAST, BUCK BAQUEANO, BUCK BIGUA, BUCK CAMBA, BUCK CHACARERO, BUCK COLIHUE, BUCK CUMELEN, BUCK DESTELLO, BUCK FULGOR, BUCK GUAPO, BUCK HUANCHEN, BUCK MALEVO, BUCK MANGRULLO, BUCK METEORO, BUCK MUTICIA, BUCK NAPOSTA, BUCK NORTEÑO, BUCK PACIFICO, BUCK PEREGRINO, BUCK RANQUEL, BUCK RESPLANDOR, BUCK SAETA, BUCK TAITA, CEDRO, CEIBO, DM ALERCE, DM ALGARROBO, DM AREX, DM ATLAX, DM CRONOX, DM MAITEN, DM PEHUEN, DM SAUCE, DM THEMIX, FRESNO, GUAYABO, HO CARCARAÑA, INIA CENTINELA, INIA CHURRINCHE, INIA CONDOR, JACARANDA, KLEIN 100 AÑOS, KLEIN 32, KLEIN ATLAS, KLEIN BRUJO, KLEIN CACIQUE, KLEIN CAPRICORNIO, KLEIN CARPINCHO, KLEIN CASTOR, KLEIN CENTAURO, KLEIN CHAJA, KLEIN DONENRIQUE, KLEIN ESCORPION, KLEIN FAVORITO II, KLEIN GAVILAN, KLEIN GEMINIS, KLEIN GLADIADOR, KLEIN GUERRERO, KLEIN IMPACTO, KLEIN LEON, KLEIN MINERVA, KLEIN NUTRIA, KLEIN POTRO, KLEIN RAYO, KLEIN RENDIDOR, KLEIN SELENIO CL, KLEIN TIGRE, KLEIN TITANIO CL, KLEIN YARARA, KLEIN ZORRO, LAPACHO, LE 2331, LE 2341, LG ARLASK, LG PAMPERO, LG ZAINO, MS INTA 119, MS INTA 415, MS INTA 623 CL, MS INTA 815, MS INTA BON. 817, PROINTA GAUCHO, PROINTA GUAZU, RAGT QUIRIKO, RELMO SIRIRI, SINVALOCHO, SRN NOGAL, SY 100, SY 109, SY 120, SY 200, SY 200, SY 211, SY 300, SY 330, TIMBO, TORDO IS
A	ACA 223, ACA 801, ACA 903B, BAGUETTE 17, BAGUETTE 30, BUCK 75 ANIVERSARIO, BUCK BRASIL, BUCK PINGO, BUCK PRONTO, BUCK PUELCHE, HORNERO IS, INIA TORCAZA, KLEIN PANTERA, KLEIN PROMETEO, KLEIN PROTEO, KLEIN TAURO, LE 2330, LE 2333, MARCOS JUAREZ INTA, OLAETA ARTILLERO, PROINTA ELITE, PROINTA GRANAR, PROINTA ISLA VERDE, PROINTA OASIS

G = mayor peso de grano, A = menor peso de grano.

Aclaración: Los datos de la caracterización molecular aquí mostrados pueden contener variaciones según el origen de las semillas utilizadas, se recomienda utilizarlos de manera orientativa.

Referencias

Su, Z., Hao, C., Wang, L., Dong, Y., & Zhang, X. (2010). Identification and development of a functional marker of TaGW2 associated with grain weight in bread wheat (Triticum aestivum L.). Theoretical and Applied Genetics, 122(1), 211-223. https://doi.org/10.1007/s00122-010-1437-z
Zhang, X., Chen, J., Shi, C., Chen, J., Zheng, F., & Tian, J. (2013). Function of TaGW2-6A and its effect on grain weight in wheat (Triticum aestivum L.). Euphytica, 192(3), 347-357. https://doi.org/10.1007/s10681-012-0858-y

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ELF3-D1

Ivan Muñoz — Sat, 25 Sep 2021 03:42:39 +0000

MARCADORES

ELF3-D1

Zikhali et al. (2016) demostraron que una deleción que incluye al gen TaELF-D1 es responsable del locus para precocidad intrínseca Eps-D1 y describieron herramientas moleculares para su utilización. El alelo ELF3-D1b con la presencia de la deleción acelera la floración, aunque su efecto depende de su interacción con otros genes (ej. Ppd) y la temperatura (Ochagavía et al. 2019).

La secuencia Xbarc62 está en el 3′ UTR del gen TaELF3-D1 y la repetición ATCT SSR detectada por Xbarc62 se encuentra a 254 pb distal del codón de stop de TaELF3-D1. Los cebadores, no son específicos de 1DL como lo demuestra la producción de dos amplicones de PCR (129 y 118 bases). El alelo ELF3-D1a (funcional) no presenta la deleción y por lo tanto, cumple con su papel de represión. retasando el momento de la floración.

Figura 1. Posición del SSR de Xbarc62 254 pb corriente abajo del codón stop en el UTR 3′ de Chinese Spring, tomado de Zikhali et al., 2016.

Los productos de PCR son visualizados en geles de acrilamida al 3% corridos en buffer TBE y teñidos con bromuro de etidio. La punta de flecha verde marca el fragmento de ADN de 129 pb perteneciente al alelo alto ELF3-D1a sin la deleción (calles 1, 4, 5, 6, 7, 9, 12, 13, 14, 17 y 18). La punta de flecha celeste marca la ausencia del fragmento de 129 pb perteneciente ELF3-D1b que presenta la deleción completa del gen ELF3-D1 (calles 2, 3, 8, 10, 15 y 16).

Primers:

XBarc62F 5′ TTG CCT GAGA CAT ACA TAC ACC TAA 3′

XBarc62R 5′ GCC AGA ACA GAA TGA GTG CT 3′

Concentración final de productos utilizados en las reacciones de PCR:

1X Taq buffer (libre de Mg); dNTP: 200 µM c/u; MgCl₂: 1.5 mM; primers: 0.2 µM c/u; Taq: 1 U; ADN genómico: 50-100 ng/reacción; Volumen final: 25 µl

Programa de PCR

Desnaturalización: 94 °C, 5 min; 40 ciclos de 94 °C 15 seg, 52 °C 15 seg, 72 °C 30 seg. Finalización con un paso de extensión: 72 °C 5 min.

Caracterización de la Variabilidad Genética presente en Variedades Argentinas de Trigo.

ELF3-D1	Variedad
a	55CL, ACA 201, ACA 801, ACA 901, ACA 906, ACA 907, BAGUETTE 10, BAGUETTE 18, BAGUETTE 19, BAGUETTE 21, BAGUETTE 31, BAGUETTE 9, BAGUETTE P. 11, BIOINTA 1002, BIOINTA 1003, BIOINTA 1004, BIOINTA 1005, BIOINTA 1006, BIOINTA 2004, BIOINTA 3003, BIOINTA 3005, BUCK PUELCHE, DM THEMIX, INIA CENTINELA, INIA CHURRINCHE, INIA CONDOR, KLEIN 32, KLEIN CASTOR, KLEIN LEON, KLEIN NUTRIA, KLEIN RAYO, KLEIN TAURO, KLEIN ZORRO, LE 2330, LE 2331, LE 2333, MARCOS JUAREZ INTA, PROINTA ELITE, PROINTA GRANAR, SY 100, SY 200, SY 300
b	ACA 223, ACA 320, ACA 903B, BAGUETTE 30, BARLETTA 77, BIOINTA 1000, BIOINTA 1001, BIOINTA 2001, BIOINTA 3004, BUCK 75 ANIVERSARIO, BUCK AGP FAST, BUCK BAQUEANO, BUCK BIGUA, BUCK BRASIL, BUCK CHACARERO, BUCK GUAPO, BUCK HUANCHEN, BUCK MALEVO, BUCK MANGRULLO, BUCK METEORO, BUCK NAPOSTA, BUCK NORTEÑO, BUCK PINGO, BUCK PRONTO, BUCK RANQUEL, BUCK TAITA, DM AREX, DM ATLAX, DM CRONOX, DM ONIX, INIA TORCAZA, KLEIN ATLAS, KLEIN BRUJO, KLEIN CACIQUE, KLEIN CAPRICORNIO, KLEIN CARPINCHO, KLEIN CENTAURO, KLEIN CHAJA, KLEIN DONENRIQUE, KLEIN ESCORPION, KLEIN GAVILAN, KLEIN GLADIADOR, KLEIN GUERRERO, KLEIN IMPACTO, KLEIN PANTERA, KLEIN PROTEO, KLEIN RENDIDOR, KLEIN TIGRE, KLEIN YARARA, LE 2341

a = sin deleción (tardío); b = con deleción (precoz).

Aclaración: Los datos de la caracterización molecular aquí mostrados pueden contener variaciones según el origen de las semillas utilizadas, se recomienda utilizarlos de manera orientativa.

podcast sobre ELF3-D1

https://trigueros.info/wp-content/uploads/2025/12/ELF3_El_Interruptor_Perdido_del_Trigo__Como_la_Ausencia_de_un_Gen_Ac.mp3

Podcast generado mediante Inteligencia Artificial NotebookLM de Google en base a la bibliografía propuesta en esta sección.

Referencias

Ochagavía, H., Prieto, P., Zikhali, M., Griffiths, S., & Slafer, G. A. (2019). Earliness Per Se by Temperature Interaction on Wheat Development. Scientific Reports, 9(1). https://doi.org/10.1038/s41598-019-39201-6
Zikhali, M., Wingen, L. U., & Griffiths, S. (2015). Delimitation of the Earliness per se D1(Eps-D1) flowering gene to a subtelomeric chromosomal deletion in bread wheat (Triticum aestivum). Journal of Experimental Botany, 67(1), 287–299. https://doi.org/10.1093/jxb/erv458

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Protocolo Extracción de ADN (miniprep)

Ivan Muñoz — Mon, 20 Sep 2021 00:33:15 +0000

MÉTODOS

PROTOCOLO DE EXTRACCIÓN DE ADN (MINIPREP)

Extracción de ADN

En un tubo Eppendorf de 2 ml. Machacar hojas en nitrógeno líquido. Luego agregar 800 µl de buffer de extracción.
Incubar a 65 °C durante 30 min, invertir regularmente los tubos durante este período.
Agregar 400 µl de cloroformo e invertir los tubos regularmente. Dejar 10-15 min a temperatura ambiente.
Centrifugar a 12.000 rpm durante 10 min.
Tomar 600 µl del sobrenadante (fase acuosa) y colocarlo en tubo Eppendorf de 1,5 ml para precipitar el ADN con 0,8 volúmenes de isopropanol (480 µl). El isopropanol tiene que estar a temperatura ambiente. Después de agregarlo, invertir el tubo unas diez veces suavemente para que se mezcle y centrifugar 2 min a 10.000 rpm (con el isopropanol precipitan otras cosas además del ADN por eso se utiliza a temperatura ambiente y poco tiempo).
Eliminar el sobrenadante y limpiar el pellet con 600 µl de etanol al 70%. Centrifugar 2 min a 10.000 rpm. Eliminar el sobrenadante.
Secar el pellet a temperatura ambiente durante una hora. Resuspender el ADN en 50-100 µl de TE conteniendo 20 µg/ml de ARNasa (stock ARNasa 10 mg/ml).

Figura: Se muestra esquemáticamente los pasos de la extracción de ADN de hojas de trigo

Buffer de extracción

100 mM Tris HCl pH 8

1,4 M NaCl

20 mM EDTA pH 8

2% (w/v) CTAB (agregar primero el agua, calentarla y luego agregar el CTAB para mejorar la disolución)

β-mercaptoetanol 0,5 ml/100 ml de buffer (agregarlo antes de utilizar)

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Rht-D1

Ivan Muñoz — Fri, 17 Sep 2021 16:05:14 +0000

MARCADORES

Rht-D1

Ellis et al. (2002) desarrollaron marcadores moleculares alelo específicos que permiten detectar las variantes alélicas Rht-D1a (alta) y Rht-D1b (enana) previamente descritas por Peng et al. (1999). El marcador revela la presencia de una mutación C/T (E61*) que genera un codón de stop TAG en el alelo Rht-D1b.

Los productos de PCR son visualizados en geles de agarosa al 2% teñidos con bromuro de etidio. La punta de flecha verde marca el fragmento de ADN de 264 pb perteneciente al alelo alto Rht-D1a (calles 1, 2, 3, 4, 6 y 7). La punta de flecha celeste marca el fragmento de 254 pb perteneciente sensible Rht-D1b (calle 5).

Primers:

Rht-D1a

DF 5′ CGC GCA ATT ATT GGC CAG AGA TAG 3′

WR2 5′ GGC CAT CTC GAG CTG CAC 3’

Rht-D1b

DF2 5′ GGC AAG CAA AAG CTT CGC G 3′

MR2 5′ CCC CAT GGC CAT CTC GAG CTG CTA 3’

Concentración final de productos utilizados en las reacciones de PCR:

1X Taq buffer (libre de Mg); dNTP: 200 µM c/u; MgCl₂: 1.5 mM; primers: 0.2 µM c/u; Taq: 1 U; ADN genómico: 50-100 ng/reacción; Volumen final: 25 µl

Programa de PCR

Desnaturalización: 94 °C, 5 min; Touchdown 7 ciclos de 94 °C 30 seg, 65 °C 30 seg, 72 °C 1 min 20 seg; con una caída de 1°C de temperatura de annealing por ciclo. Luego, 30 ciclos de 94 °C 15 seg, 58 °C 15 seg, 72 °C 50 seg. Finalización con un paso de extensión: 72 °C 5 min.

Caracterización de la Variabilidad Genética presente en Variedades Argentinas de Trigo.

Rht-D1	Variedad
a	55CL, ACA 223, ACA 320, ACA 801, ACA 901, ACA 906, ACA 907, BAGUETTE 10, BAGUETTE 17, BAGUETTE 18, BAGUETTE 30, BAGUETTE 9, BAGUETTE P. 11, BARLETTA 77, BIOINTA 1001, BIOINTA 1003, BIOINTA 1004, BIOINTA 1005, BIOINTA 1006, BIOINTA 2004, BIOINTA 3003, BIOINTA 3004, BUCK AGP FAST, BUCK HUANCHEN, BUCK NAPOSTA, BUCK NORTEÑO, BUCK PUELCHE, DM AREX, DM ATLAX, DM CRONOX, DM ONIX, INIA CENTINELA, INIA CHURRINCHE, INIA TORCAZA, KLEIN 32, KLEIN ATLAS, KLEIN BRUJO, KLEIN CACIQUE, KLEIN CAPRICORNIO, KLEIN CARPINCHO, KLEIN CASTOR, KLEIN CENTAURO, KLEIN DONENRIQUE, KLEIN ESCORPION, KLEIN GAVILAN, KLEIN GLADIADOR, KLEIN GUERRERO, KLEIN IMPACTO, KLEIN LEON, KLEIN NUTRIA, KLEIN PANTERA, KLEIN PROTEO, KLEIN RAYO, KLEIN RENDIDOR, KLEIN TAURO, KLEIN TIGRE, KLEIN YARARA, KLEIN ZORRO, LE 2330, LE 2331, LE 2333, LE 2341, OLAETA ARTILLERO, PROINTA GRANAR, PROINTA GUAZU, PROINTA ISLA VERDE, PROINTA OASIS, RELMO SIRIRI, SINVALOCHO, SRN NOGAL, SY 200, SY 300
b	ACA 201, ACA 202, ACA 903B, BAGUETTE 19, BAGUETTE 21, BAGUETTE 31, BIOINTA 1000, BIOINTA 1002, BIOINTA 2001, BIOINTA 3005, BUCK 75 ANIVERSARIO, BUCK BAQUEANO, BUCK BIGUA, BUCK BRASIL, BUCK CHACARERO, BUCK GUAPO, BUCK MALEVO, BUCK MANGRULLO, BUCK METEORO, BUCK PINGO, BUCK PRONTO, BUCK RANQUEL, BUCK TAITA, DM THEMIX, INIA CONDOR, KLEIN CHAJA, MARCOS JUAREZ INTA, PROINTA ELITE, PROINTA GAUCHO, SY 100

a = Alto; b = Bajo

Aclaración: Los datos de la caracterización molecular aquí mostrados pueden contener variaciones según el origen de las semillas utilizadas, se recomienda utilizarlos de manera orientativa.

podcast sobre Rht-D1

https://trigueros.info/wp-content/uploads/2025/09/Rht-D1_Genes_Gigantes_Trigo_Enano__La_Revolucion_Verde_y_la_Genetica_Oculta.mp3

Podcast generado mediante Inteligencia Artificial NotebookLM de Google en base a la bibliografía propuesta en esta sección.

Referencias

Ellis, M., Spielmeyer, W., Gale, K., Rebetzke, G., & Richards, R. (2002). “Perfect” markers for the Rht-B1b and Rht-D1b dwarfing genes in wheat. Theoretical and Applied Genetics, 105(6), 1038–1042. https://doi.org/10.1007/s00122-002-1048-4
Peng, J., Richards, D., Hartley, N., Murphy, G., Devos, K., Flintham, J., Beales, J., Fish, L., Worland, A., Pelica, F., Sudhakar, D., Christou, P., Snape, J., Gale, M., & Harberd, N. (1999). “Green revolution” genes encode mutant gibberellin response modulators. Nature, 400(6741), 256–261. https://doi.org/10.1038/22307
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Rht-B1

Ivan Muñoz — Fri, 17 Sep 2021 15:15:29 +0000

MARCADORES

Rht-B1

Ellis et al. (2002) desarrollaron marcadores moleculares alelo específicos que permiten detectar las variantes alélicas Rht-B1a (alta) y Rht-B1b (enana). El alelo de la revolución verde Rht-B1b (Peng et al., 1999), que codifica para variantes de la proteína DELLA con menor sensibilidad a la giberelina (Wilhelm et al., 2012) se localiza cercano al centrómero en el brazo corto del cromosoma 4B (Börner et al., 1999). El marcador revela la presencia de una mutación C/T (Q62*) que genera un codón de stop TAG en el alelo Rht-B1b.

Los productos de PCR son visualizados en geles de agarosa al 2% teñidos con bromuro de etidio. La punta de flecha verde marca el fragmento de ADN de 237 pb perteneciente al alelo alto Rht-B1a (calles 2, 3, 4 y 7). La punta de flecha celeste marca el fragmento de 237 pb perteneciente al alelo enano Rht-B1b (calles 1, 4, 5 y 6).

Primers:

Rht-B1a

BF 5′ GGT AGG GAG GCG AGA GGC GAG 3′

WR1 5′ CAT CCC CAT GGC CAT CTC GAG CTG 3’

Rht-B1b

MR1 5′ CAT CCC CAT GGC CAT CTC GAG CTA 3′

Concentración final de productos utilizados en las reacciones de PCR:

1X Taq buffer (libre de Mg); dNTP: 200 µM c/u; MgCl₂: 1.5 mM; primers: 0.2 µM c/u; Taq: 1 U; ADN genómico: 50-100 ng/reacción; Volumen final: 25 µl

Programa de PCR

Caracterización de la Variabilidad Genética presente en Variedades Argentinas de Trigo.

Rht-B1	Variedad
a	55CL, ACA 201, ACA 202, ACA 223, ACA 320, ACA 903B, BAGUETTE 10, BAGUETTE 17, BAGUETTE 18, BAGUETTE 19, BAGUETTE 21, BAGUETTE 31, BAGUETTE 9, BAGUETTE P. 11, BARLETTA 77, BIOINTA 1000, BIOINTA 1001, BIOINTA 1002, BIOINTA 2001, BIOINTA 3005, BUCK 75 ANIVERSARIO, BUCK BAQUEANO, BUCK BIGUA, BUCK BRASIL, BUCK CHACARERO, BUCK GUAPO, BUCK MALEVO, BUCK MANGRULLO, BUCK METEORO, BUCK NAPOSTA, BUCK NORTEÑO, BUCK PINGO, BUCK PRONTO, BUCK RANQUEL, BUCK TAITA, DM AREX, DM ONIX, INIA CONDOR, KLEIN 32, KLEIN ATLAS, KLEIN BRUJO, KLEIN CAPRICORNIO, KLEIN CENTAURO, KLEIN CHAJA, KLEIN ESCORPION, KLEIN IMPACTO, KLEIN NUTRIA, KLEIN PANTERA, KLEIN PROTEO, KLEIN RENDIDOR, KLEIN TAURO, KLEIN ZORRO, LE 2341, MARCOS JUAREZ INTA, OLAETA ARTILLERO, PROINTA ELITE, PROINTA GAUCHO, PROINTA GRANAR, PROINTA ISLA VERDE, PROINTA OASIS, SINVALOCHO, SRN NOGAL, SY 100, SY 200, SY 300
b	ACA 801, ACA 901, ACA 906, ACA 907, BAGUETTE 30, BIOINTA 1003, BIOINTA 1004, BIOINTA 1005, BIOINTA 1006, BIOINTA 2004, BIOINTA 3003, BIOINTA 3004, BUCK AGP FAST, BUCK HUANCHEN, BUCK PUELCHE, DM ATLAX, DM CRONOX, DM THEMIX, INIA CENTINELA, INIA CHURRINCHE, INIA TORCAZA, KLEIN CACIQUE, KLEIN CARPINCHO, KLEIN CASTOR, KLEIN DONENRIQUE, KLEIN GAVILAN, KLEIN GLADIADOR, KLEIN GUERRERO, KLEIN LEON, KLEIN RAYO, KLEIN TIGRE, KLEIN YARARA, LE 2330, LE 2331, LE 2333, PROINTA GUAZU, RELMO SIRIRI

a = Alto; b = Bajo.

Aclaración: Los datos de la caracterización molecular aquí mostrados pueden contener variaciones según el origen de las semillas utilizadas, se recomienda utilizarlos de manera orientativa.

Referencias

Börner, M. Röder, & Korzun, V. (1997). Comparative molecular mapping of GA insensitive Rht loci on chromosomes 4B and 4D of common wheat (Triticum aestivum L.). Theoretical and Applied Genetics, 95(7), 1133–1137. https://doi.org/10.1007/s001220050673
Ellis, M., Spielmeyer, W., Gale, K., Rebetzke, G., & Richards, R. (2002). “Perfect” markers for the Rht-B1b and Rht-D1b dwarfing genes in wheat. Theoretical and Applied Genetics, 105(6), 1038–1042. https://doi.org/10.1007/s00122-002-1048-4
Peng, J., Richards, D. E., Hartley, N. M., Murphy, G. P., Devos, K. M., Flintham, J. E., Beales, J., Fish, L. J., Worland, A. J., Pelica, F., Sudhakar, D., Christou, P., Snape, J. W., Gale, M. D., & Harberd, N. P. (1999). “Green revolution” genes encode mutant gibberellin response modulators.
Wilhelm, E. P., Howells, R., Al-Kaff, N., Jia, J., Baker, C., Leverington-Waite, M., Griffiths, S., Greenland, A. J., Boulton, M. I., & Powell, W. (2013). Genetic characterization and mapping of the Rht-1 homoeologs and flanking sequences in wheat. Theoretical and Applied Genetics, 126(5), 1321–1336. https://doi.org/10.1007/s00122-013-2055-3

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MA 102 Variedades Argentinas

Ivan Muñoz — Thu, 16 Sep 2021 21:15:17 +0000

MAPEO GENÉTICO

MA 102 VARIEDADES ARGENTINAS

Esta pequeña población de mapeo por asociación se desarrolló originalmente para el estudio de caracteres asociados a la adaptación del cultivo y a componentes de rendimiento, los resultados mostrados en esta página son los obtenidos y publicados por Basile et al. (2019).

Información de la colección:

Un conjunto de 102 variedades de trigo pan descritos anteriormente (Vanzetti et al., 2013) que incluye variedades antiguas (como el cv. Barletta 77, en 1927) y cultivares comerciales recientes (hasta 2010) fueron seleccionados entre las principales empresas de mejoramiento de trigo en Argentina y utilizado para la construcción de bloques de haplotipos y análisis GWAS. Las semillas fueron obtenidas del Banco de Germoplasma de trigo de la Estación Experimental INTA Marcos Juárez.

Tipo de Población: Mapeo por Asociación.

Tamaño de la Población: 102 genotipos

Origen: EEA INTA Marcos Juarez. Responsable del proyecto Dr. Leonardo Vanzetti

Plataforma de genotipado: Axiom® 35K SNP Wheat Breeder’s Array (Affimetrix)

Esquema del cromosoma 1B donde se observa el alto DL provocado por la presencia de la translocación de centeno 1BL/1RS en alta frecuencia en el germoplasma argentino de trigo pan utilizado.

Estructura de la población (Matriz Q)

la estructura genética en el nivel de población utilizando el software R STRUCTURE (François, 2016)

Figura 1: Análisis de la estructura de la colección de 102 cultivares de trigo hexaploides argentinos. El análisis de estructura mostró cuatro subpoblaciones hipotéticas representadas por diferentes colores.

Análisis de haplotipos

La estructura del haplotipo basada en los marcadores SNP para cada cromosoma de trigo se evaluó utilizando el software Haploview 4.2. (Barrett et al., 2004). El software define bloques de haplotipos (HB) y proporciona el número de haplotipos y su longitud física (pb) para cada bloque. Los HB se convirtieron en una tabla usando un script de Python propio disponible en GitHub.

Análisis de asociación

Los análisis de GWAS se realizaron utilizando 4.516 haplotipos (provenientes de 1.268 HB) y 495 marcadores genéticos / SNP informativos anclados al genoma del trigo. Para los análisis se utilizó el método SUPER (Wang et al., 2014) implementados en el paquete R GAPIT (Lipka et al., 2012). Para reducir asociaciones espurias se utilizó en el modelo la estructura genética en la población (valores Q). A partir del GWAS para cada carácter, se seleccionó haplotipos / marcadores que fueron significativos (P < 0,05) en cuatro ambientes, con al menos un ambiente con diferencias altamente significativas (P < 0,001). Todos los haplotipos / marcadores que satisfacen estos criterios son presentados en la tabla que esta debajo.

Figura 2: Tamaños y posición de los bloques de haplotipos (HB) en cada cromosoma para la colección de trigo hexaploide argentino. Los HB rojos indican un tamaño > 30 Mb, los tamaños de HB naranjas entre 10 y 30 Mb y los tamaños de HB verdes <10 Mb.

Basado en la fórmula descrita en (Zhang et al., 2018), la probabilidad de que un haplotipo / marcador sea estadísticamente significativo por azar, simultáneamente para cuatro GWAS fue estimado en menos de 1,25E^-07 (0,05 x 0,05 x 0,05 x 0,001). Basado en este número, la probabilidad de al menos un error en los 5.011 haplotipos / SNP se estimó como 1 – (1 -1,25E^-07) 5.011 = 0,00063 (por carácter evaluado).

Caracteres fenotipados en la población hasta el momento y sobre los cuales se realizó la búsqueda de QTL

DE: Días de siembra a espigazón.

AP: Altura de planta.

FEm = Fertilidad de Espiga a madurez (granos/ gr chaff).

NGE: Número de granos por espiga (número).

PMG: Peso de mil Granos (g).

Resultados del análisis GWAS de la población

Carácter	Haplotipo/ SNP	Cromosoma	Inicio (Mb)	Fin (Mb)	Frecuencia (%)	Efecto sobre carácter	Alelo	SNP	Azul 2013	Azul 2014	Balcarce 2013	Balcarce 2014	Balcarce 2015	Marcos Juárez 2011	Marcos Juárez 2012	Marcos Juárez 2013	Marcos Juárez 2014	Marcos Juárez 2015	Marcos Juárez 2016	Colocalización	Referencia
FEm	B32-Hap4	1A	482,3	487	6	Aumenta	CCTTCTTAC	AX94938408, AX95024082, AX94644800, AX94507352, AX95120675, AX94448644, AX94997258, AX95629264, AX94757176	*	ns	*	*	**	-	ns	ns	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B19-Hap3	2A	70,2	72,9	12	Aumenta	GTCG	AX94639168, AX95096480, AX94381449, AX94400797	*	ns	*	*	ns	-	**	ns	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B23-Hap1	2A	83,8	84,5	52	Disminuye	AT	AX95631188, AX94466696	*	*	*	*	ns	-	*	ns	ns	*	*	_	Basile et al., 2019
FEm	B26-Hap3	2A	102	102,7	36	Aumenta	AAG	AX94880269, AX95164703, AX94669822	*	**	**	*	ns	-	ns	ns	ns	ns	*	_	Basile et al., 2019
FEm	B30-Hap4	2A	165,8	182,1	7	Aumenta	TTCCGTCC	AX94774467, AX94576255, AX94849076, AX94692672, AX95115244, AX94448613, AX94724618, AX94577367	**	ns	*	*	ns	-	ns	*	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B49-Hap2	2A	704,8	705,8	15	Aumenta	GC	AX94720460, AX94399675	*	*	*	**	*	-	ns	ns	ns	ns	ns	NKS	Basile et al., 2019
FEm	AX94874921	2A	707,1	-	16	Aumenta	A	AX94874921	ns	ns	ns	ns	ns	-	**	ns	*	*	*	_	Basile et al., 2019
FEm	B55-Hap1	2A	716,8	718,9	12	Aumenta	CAATC	AX95096362, AX94982819, AX94661746, AX94535413, AX94433820	*	***	**	*	*	-	ns	ns	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B14-Hap4	3B	23	24	6	Aumenta	GGTC	AX94624219, AX95189982, AX94413646, AX94873710	ns	ns	**	*	*	-	**	ns	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	AX94869767	4A	606,4	-	18	Aumenta	C	AX94869767	*	ns	*	*	ns	-	*	*	ns	*	*	_	Basile et al., 2019
FEm	B35-Hap3	4A	625,7	625,9	23	Aumenta	GT	AX94952227, AX94629424	**	*	**	*	*	-	ns	ns	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B33-Hap4	5A	445,2	445,2	7	Aumenta	GC	AX95632187, AX94682497	**	*	*	*	ns	-	ns	ns	ns	ns	ns	PH	Basile et al., 2019
FEm	B43-Hap1	5A	476,4	476,7	15	Aumenta	GACCGCG	AX95132574, AX94876698, AX94638131, AX94983398, AX94955528, AX94430148, AX95114243	*	ns	*	*	ns	-	ns	**	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B24-Hap2	6A	205,1	233,3	17	Aumenta	TCAA	AX95141224, AX94593271, AX94493694, AX95652741	***	*	*	ns	ns	-	ns	ns	ns	ns	*	TKW	Basile et al., 2019
FEm	B28-Hap4	6A	448,7	454,6	9	Disminuye	GATC	AX95074798, AX94441458, AX95076677, AX94912807	*	*	*	**	*	-	*	ns	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B29-Hap2	6A	455,6	467	25	Aumenta	GATC	AX95074798, AX94441458, AX95076677, AX94912807	***	ns	*	*	ns	-	ns	ns	*	ns	*	_	Basile et al., 2019
FEm	B36-Hap2	7A	119	126	10	Aumenta	CCGG	AX94410775, AX94436598, AX94578662, AX94404264	*	ns	*	**	*	-	ns	ns	ns	ns	*	_	Basile et al., 2019
PMG	B5-Hap3	2D	17,6	18,2	7	Disminuye	TGA	AX94672889, AX94814880, AX95098966	*	*	ns	ns	ns	-	ns	ns	*	*	**	_	Basile et al., 2019
PMG	B12-Hap3	3A	46,7	52,6	5	Disminuye	CCGACACTCCTA	AX94494425, AX94947888, AX94946504, AX94660985, AX95252995, AX94429024, AX94567917, AX94954991, AX94994948, AX94713555, AX94821666, AX94718027	ns	*	ns	*	*	-	**	*	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
PMG	AX95257035	3A	686,8	-	11	Aumenta	T	AX95257035	ns	ns	ns	ns	ns	-	*	ns	***	**	*	_	Basile et al., 2019
PMG	B111-Hap4	3B	817,4	817,8	11	Aumenta	CCCC	AX94758693, AX94799334, AX94401378, AX95131891	ns	ns	ns	*	ns	-	**	ns	*	*	ns	PH	Basile et al., 2019
PMG	AX94459169	6A	0,6	-	30	Aumenta	C	AX94459169	ns	**	*	ns	ns	-	ns	*	***	***	**	_	Basile et al., 2019
PMG	B20-Hap3	6A	63,8	74	21	Disminuye	TTCAGCGAGGGGTCTCGGA	AX94684858, AX94600197, AX95008689, AX95012251, AX94815030, AX94396601, AX94722330, AX94840852, AX95142812, AX95025823, AX95179502, AX94422265, AX94494618, AX94790181, AX94449290, AX94774196, AX95258743, AX95022356, AX95631090	ns	ns	*	ns	ns	-	ns	ns	*	**	*	_	Basile et al., 2019
PMG	B21-Hap3	6A	74,5	101,3	20	Disminuye	TCATTTTCGTTGC	AX94664414, AX94961629, AX94640976, AX94395941, AX95246731, AX94683058, AX94977405, AX94942752, AX95256931, AX94490150, AX94795446, AX95145282, AX95012377	ns	ns	*	ns	ns	-	ns	ns	*	**	*	_	Basile et al., 2019
PMG	B24-Hap2	6A	205,1	233,3	17	Disminuye	TCAA	AX95141224, AX94593271, AX94493694, AX95652741	ns	ns	**	ns	ns	-	*	ns	*	***	*	FE	Basile et al., 2019
PMG	B38-Hap3	7B	626,1	627,6	5	Aumenta	TG-TC	AX94754235, AX94843008, AX95171526, AX94419535, AX94746769	ns	***	**	ns	ns	-	ns	*	*	ns	**	_	Basile et al., 2019
PMG	B60-Hap2	7B	702,3	703,7	27	Aumenta	TT	AX94498540, AX94700055	ns	ns	ns	*	ns	-	*	*	**	*	*	_	Basile et al., 2019
PMG	B60-Hap3	7B	702,3	703,7	15	Aumenta	CT	AX94498540, AX94700055	ns	ns	*	ns	ns	-	*	*	**	**	**	_	Basile et al., 2019
NGE	B49-Hap2	2A	704,8	705,8	15	Aumenta	GC	AX94720460, AX94399675	*	ns	*	**	**	-	ns	ns	*	ns	ns	FE	Basile et al., 2019
NGE	B19-Hap5	4A	231	349,3	13	Aumenta	CACAGT	AX94392668, AX94728695, AX94606134, AX94394855, AX94661891, AX94482222	*	**	ns	ns	ns	-	**	*	*	ns	*	_	Basile et al., 2019
DE	B76-Hap2	1B	643,1	645,7	35	Aumenta	TCT	AX94439319, AX94766122, AX95017951	*	**	ns	ns	ns	**	*	*	ns	*	*	_	Basile et al., 2019
DE	B84-Hap3	1B	667,2	667,8	17	Disminuye	CGT	AX95199577, AX94689744, AX94803292	ns	ns	**	**	*	ns	*	*	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
DE	B89-Hap4	1B	676,8	678	6	Disminuye	-GG	AX94431388, AX94537816, AX94546627	ns	ns	*	**	*	*	*	ns	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
DE	B40-Hap4	2B	162,9	166,9	10	Aumenta	TTTTGTATA	AX94622328, AX94450544, AX94655193, AX94755547, AX95213611, AX95081080, AX94499577, AX95007105, AX94589917	*	**	ns	ns	ns	ns	*	ns	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
DE	B62-Hap1	2B	564,2	569	10	Aumenta	ACAAAA	AX95146301, AX94459397, AX95685439, AX94967288, AX95235626, AX94770158	*	**	ns	ns	ns	*	ns	ns	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
DE	Ppd-D1 sensitive	2D	34	-	42	Aumenta	sensitive	Ppd-D1	*	*	*	*	*	**	***	**	***	***	**	_	Basile et al., 2019
DE	B31-Hap1	3A	504,8	507,5	59	Disminuye	AGG	AX94818694, AX94989495, AX94664169	ns	ns	*	ns	*	**	*	*	*	*	*	_	Basile et al., 2019
DE	B49-Hap3	3A	631,2	633,1	12	Disminuye	GTA	AX94983266, AX94480950, AX94590370	**	ns	*	*	ns	*	*	ns	*	**	*	_	Basile et al., 2019
DE	B59-Hap3	3A	695,5	695,7	19	Aumenta	GA	AX94460524, AX94829707	ns	*	ns	ns	ns	**	*	**	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
DE	B60-Hap4	3A	699,4	700,6	10	Aumenta	GACG	AX95083017, AX94700391, AX94586183, AX95230073	ns	**	ns	ns	ns	**	*	***	**	*	ns	_	Basile et al., 2019
DE	B7-Hap1	3D	518,2	560,1	54	Disminuye	CGCGAATATCTAGCCT	AX94918512, AX94838180, AX95014681, AX94749865, AX94643137, AX94629154, AX94462026, AX94508902, AX94762786, AX94401224, AX94804577, AX94505336, AX94524892, AX95078497, AX94475658, AX94965337	*	*	ns	ns	ns	*	*	**	*	*	*	_	Basile et al., 2019
DE	B75-Hap4	5B	597,2	601,4	11	Disminuye	TATGTTCGCTTCCG	AX94472448, AX94825873, AX95126299, AX94494539, AX94534515, AX94435670, AX94419463, AX94526460, AX94855957, AX95234715, AX95141741, AX95257158, AX94955787, AX95131986	*	ns	ns	ns	ns	*	*	ns	*	**	ns	_	Basile et al., 2019
DE	AX94610041	6A	13,8	-	46	_	A	AX94610041	*	*	**	*	*	**	ns	*	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
DE	B43-Hap1	6A	591,7	592,5	61	Disminuye	TGTACT	AX94439933, AX94621070, AX95152390, AX94499400, AX94765421, AX94750793	ns	**	ns	ns	ns	*	*	**	*	*	*	_	Basile et al., 2019
DE	B26-Hap3	6B	157,6	157,8	11	Aumenta	ACG	AX95231652, AX94976370, AX94918690	*	**	ns	ns	ns	ns	ns	ns	*	*	**	PH	Basile et al., 2019
DE	B24-Hap2	7A	68	70,2	8	Aumenta	CAAC	AX94880471, AX94952518, AX94923482, AX94915156	ns	ns	*	**	*	*	ns	**	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B38-Hap3	1A	508,6	510,4	16	Aumenta	CTAATTTG	AX95194961, AX94775918, AX94519549, Glu-A1_2*, Glu-A1_1, Glu-A1_null, AX94509092, AX95192108	*	**	ns	ns	ns	*	ns	ns	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B17-Hap4	1B	121	124	5	Aumenta	C-TAACAC	AX94479105, AX94923277, AX95215734, AX94819793, AX95630584, AX95233201, AX95117274, AX94511623	*	*	*	**	*	***	*	*	*	*	**	_	Basile et al., 2019
AP	AX94510167	1B	548,7	-	21	Aumenta	C	AX94510167	ns	*	ns	**	*	**	ns	ns	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B54-Hap1	1B	580,5	581,2	43	Disminuye	GAT	AX94417290, AX94963680, AX94858556	*	**	ns	*	*	*	ns	ns	***	***	ns	_	Basile et al., 2019
AP	Lr10	1D	8,6	-	10	Aumenta	TTA	Lr 10_362	*	*	**	ns	*	ns	*	ns	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B5-Hap4	1D	11,6	11,9	19	Disminuye	TCG	AX95069958, AX94514240, AX95653181	*	**	ns	*	*	*	ns	*	*	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B10-Hap4	1D	31,1	32,5	10	Aumenta	TTGC	AX94450337, AX94886765, AX94603350, AX95235028	*	ns	***	*	ns	*	*	ns	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B39-Hap1	2A	611,2	611,9	70	Disminuye	ACCG	AX94929514, AX95166962, AX95076860, AX95238815	**	ns	**	ns	ns	*	ns	*	ns	ns	*	_	Basile et al., 2019
AP	B48-Hap3	2A	701	702,1	15	Disminuye	TGAAT	AX94881363, AX94401392, AX94619928, AX94526179, AX94486441	*	***	*	ns	*	*	ns	ns	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B56-Hap4	2B	469,2	476,6	6	Aumenta	C-	AX94917137, AX95133917	ns	*	**	*	ns	*	ns	*	ns	**	*	_	Basile et al., 2019
AP	B79-Hap3	2B	664,2	664,9	5	Aumenta	TA-	AX94950749, AX95199286, AX95069755	*	ns	**	*	ns	**	ns	*	ns	**	*	_	Basile et al., 2019
AP	AX94687989	2B	702,2	-	52	Aumenta	T	AX94687989	ns	**	ns	ns	ns	ns	*	ns	**	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B97-Hap1	2B	719,5	719,5	38	Disminuye	CAT	AX94645156, AX94982580, AX94706037	ns	**	ns	ns	ns	ns	*	ns	**	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B114-Hap4	2B	762	763,9	8	Aumenta	C-AAA	AX94868242, AX94431230, AX95097760, AX95191464, AX94912106	**	*	*	ns	*	ns	ns	ns	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	AX94585596	2B	776,4	-	15	Aumenta	C	AX94585596	*	**	ns	ns	*	**	*	*	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	AX94624485	2B	776,8	-	10	Aumenta	G	AX94624485	*	*	*	ns	ns	**	*	*	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B122-Hap3	2B	777,1	777,2	6	Aumenta	-A	AX94869081, AX94764862	*	*	*	ns	*	***	**	*	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B22-Hap2	3A	391,5	393,4	53	Aumenta	GC	AX94393045, AX94823297	*	*	ns	*	ns	*	**	*	*	ns	*	_	Basile et al., 2019
AP	AX95090222	3A	700,6	-	18	Aumenta	G	AX95090222	**	ns	ns	*	ns	ns	**	ns	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	AX95083205	3A	743,9	-	46	Aumenta	C	AX95083205	**	*	ns	ns	*	ns	ns	*	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B6-Hap1	3B	164,4	170,8	65	Disminuye	TCACG	AX94415818, AX94512569, AX94586240, AX94707486, AX95629899	*	*	*	ns	*	ns	*	*	**	**	*	_	Basile et al., 2019
AP	B55-Hap4	3B	511,1	513,6	6	Disminuye	CCCTT	AX94541525, AX94453315, AX94990396, AX94853100, AX94547219	**	*	ns	ns	*	ns	ns	ns	ns	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B60-Hap6	3B	541,5	544,5	5	Aumenta	GA-G-CC-T	AX95141130, AX95685009, AX94701179, AX95630480, AX94829564, AX94900436, AX94434519, AX94445502, AX94929428	*	ns	*	*	ns	**	*	*	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B109-Hap2	3B	796	799,1	9	Disminuye	CTGTTGACGATG	AX95681901, AX94724702, AX95085345, AX94613383, AX95229979, AX94460257, AX95630742, AX94991264, AX94967827, AX95210310, AX94528506, AX94512236	*	**	*	ns	ns	ns	ns	ns	ns	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B111-Hap4	3B	817,4	817,8	11	Aumenta	CCCC	AX94758693, AX94799334, AX94401378, AX95131891	***	ns	*	*	**	***	*	**	*	*	*	TKW	Basile et al., 2019
AP	B57-Hap6	4A	738,7	739,7	9	Disminuye	ATTAG	AX94416122, AX95249633, AX95150738, AX95652066, AX94511022	*	ns	ns	**	ns	**	ns	ns	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B28-Hap5	4B	612,2	613,2	6	Aumenta	GG-G	AX94617210, AX94652395, AX94783372, AX94750774	*	**	*	*	*	*	*	*	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B36-Hap2	4B	650,7	650,7	57	Disminuye	TGT	AX94484839, AX95096924, AX94521391	**	*	*	*	ns	*	**	**	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B16-Hap4	5A	33	33,2	5	Aumenta	CCC	AX94653931, AX94556600, AX94635713	*	*	*	*	*	**	**	ns	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B33-Hap4	5A	445,2	445,2	7	Disminuye	GC	AX95632187, AX94682497	ns	***	*	ns	ns	*	ns	ns	ns	*	*	FE	Basile et al., 2019
AP	B54-Hap3	5A	516,1	527,9	5	Aumenta	CACTGAAG	AX94397871, AX94509108, AX94908260, AX94415346, AX94606396, AX94462177, AX95629459, AX94651425	ns	*	*	**	**	***	ns	ns	*	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B82-Hap2	5A	611,6	613,5	10	Aumenta	CACC	AX94413482, AX94423469, AX94437035, AX94747224	*	ns	*	ns	ns	*	***	ns	*	ns	*	_	Basile et al., 2019
AP	B26-Hap2	5B	430,7	430,7	17	Aumenta	CG	AX94432329, AX94784692	**	*	ns	*	*	*	*	ns	ns	ns	*	_	Basile et al., 2019
AP	AX94550178	5B	455,7	-	46	Aumenta	G	AX94550178	ns	ns	***	*	*	*	ns	ns	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B92-Hap4	5B	683,5	684	5	Aumenta	C-	AX94861020, AX94597114	*	ns	*	*	ns	**	*	*	*	ns	**	_	Basile et al., 2019
AP	B2-Hap5	6A	0,6	0,8	5	Aumenta	-C	AX95630434, AX94746756	*	ns	**	**	*	ns	ns	ns	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B4-Hap2	6A	2,2	2,7	26	Aumenta	CGCC	AX94786709, AX95630503, AX95209203, AX95148675	*	ns	*	*	**	ns	*	ns	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B4-Hap3	6A	2,2	2,7	17	Disminuye	CATC	AX94786709, AX95630503, AX95209203, AX95148675	**	*	*	ns	*	ns	*	ns	*	**	*	_	Basile et al., 2019
AP	B16-Hap1	6A	48,6	49,8	57	Aumenta	CCC	AX94889521, AX95233516, AX94739464	ns	ns	ns	*	ns	*	*	ns	**	*	**	_	Basile et al., 2019
AP	B17-Hap3	6A	50,3	51,4	33	Disminuye	CCA	AX94472732, AX95184774, AX94579590	ns	*	*	*	ns	**	ns	*	*	**	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B54-Hap5	6A	610	610,2	6	Aumenta	-G	AX94900530, AX95188728, AX94554119	ns	ns	*	*	ns	***	ns	**	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B7-Hap2	6B	19,8	20,7	82	Disminuye	CAC	AX94606720, AX95152971, AX94679404	**	***	**	*	ns	*	***	*	*	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B20-Hap4	6B	124,4	126,1	6	Aumenta	CCC	AX94725996, AX95154560, AX95069655	*	ns	ns	ns	ns	**	*	*	ns	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B25-Hap4	6B	151,4	156,4	25	Disminuye	TCATAGGCCTTGAGTTC	AX94476270, AX94489861, AX94594212, AX94592155, AX95228304, AX94746774, AX95251482, AX95224228, AX94436738, AX94925666, AX94723474, AX95257540, AX95254919, AX94814333, AX95150132, AX94933359, AX94606831	*	**	*	*	**	ns	ns	ns	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B26-Hap3	6B	157,6	157,8	11	Disminuye	ACG	AX95231652, AX94976370, AX94918690	*	***	ns	*	ns	*	*	*	ns	*	***	HD	Basile et al., 2019
AP	B31-Hap2	6B	195,3	197,8	5	Aumenta	-G	AX94507593, AX94510067	*	ns	**	**	*	**	ns	ns	*	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	AX94943227	6B	234,8	-	17	Aumenta	C	AX94943227	**	***	**	*	*	*	***	*	*	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B47-Hap3	6B	480,4	491,6	24	Disminuye	GGTCGTTGCCAGC	AX94485266, AX94999452, AX94504202, AX94501866, AX94417160, AX94459292, AX94596473, AX94878625, AX94647376, AX94523508, AX94690961, AX94916954, AX95197645	ns	ns	ns	*	**	ns	ns	ns	*	ns	*	_	Basile et al., 2019
AP	AX94476474	7A	561,6	-	14	Aumenta	T	AX94476474	**	*	*	ns	ns	ns	ns	**	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B14-Hap4	7B	59,6	61,6	22	Disminuye	ATAC	AX94590671, AX94587603, AX94758128, AX95222995	***	ns	ns	ns	*	ns	*	ns	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B76-Hap3	7B	743,5	743,6	10	Disminuye	CA	AX94593529, AX94770939	**	***	*	*	ns	*	ns	*	**	**	*	_	Basile et al., 2019

En la tabla solo se presentan los SNP que pasaron los criterios de selección en GWAS. ns = no significativo, * P <0.05, ** P <0.001, *** P <0.0001, “–” = no disponible.

Referencias

Barrett, J. C., Fry, B., Maller, J., & Daly, M. J. (2004). Haploview: analysis and visualization of LD and haplotype maps. Bioinformatics, 21(2), 263–265. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth457
Basile, S. M. L., Ramírez, I. A., Crescente, J. M., Conde, M. B., Demichelis, M., Abbate, P., Rogers, W. J., Pontaroli, A. C., Helguera, M., & Vanzetti, L. S. (2019). Haplotype block analysis of an Argentinean hexaploid wheat collection and GWAS for yield components and adaptation. BMC Plant Biology, 19(1). https://doi.org/10.1186/s12870-019-2015-4
François O. (2016). Running structure-like population genetic analyses with R. http://membres-timc.imag.fr/Olivier.Francois/tutoRstructure.pdf
Lipka, A. E., Tian, F., Wang, Q., Peiffer, J., Li, M., Bradbury, P. J., Gore, M. A., Buckler, E. S., & Zhang, Z. (2012). GAPIT: genome association and prediction integrated tool. Bioinformatics, 28(18), 2397–2399. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts444
‌Vanzetti, L. S., Yerkovich, N., Chialvo, E., Lombardo, L., Vaschetto, L., & Helguera, M. (2013). Genetic structure of Argentinean hexaploid wheat germplasm. Genetics and Molecular Biology, 36(3), 391–399. https://doi.org/10.1590/s1415-47572013000300014
Wang, Q., Tian, F., Pan, Y., Buckler, E. S., & Zhang, Z. (2014). A SUPER Powerful Method for Genome Wide Association Study. PLoS ONE, 9(9), e107684. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0107684
Zhang, J., Gizaw, S. A., Bossolini, E., Hegarty, J., Howell, T., Carter, A. H., Akhunov, E., & Dubcovsky, J. (2018). Identification and validation of QTL for grain yield and plant water status under contrasting water treatments in fall-sown spring wheats. Theoretical and Applied Genetics, 131(8), 1741–1759. https://doi.org/10.1007/s00122-018-3111-9

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Baguette 10 x Klein Chajá

Ivan Muñoz — Thu, 16 Sep 2021 05:25:57 +0000

MAPEO GENÉTICO

Baguette 10 x Klein Chajá

Esta población de mapeo se desarrolló originalmente para el estudio de la herencia de la fertilidad de espiga. Los padres de la población fueron seleccionados a partir de la evaluación de un set de genotipos locales (Mirabella et al., 2015) en el cual se caracterizaron y describieron como contrastantes para el carácter. La población de 146 líneas endocriadas recombinantes (RIL) fue evaluada en sucesivos ciclos agrícolas y en dos localidades. Con esa información sumado al desarrollo de un mapa de ligamiento, se procedió con el mapeo de QTL de fertilidad de espiga y caracteres asociados al rendimiento (Alonso et al., 2021).

Información de los Padres:

Baguette 10: (pedigrí: ARCHE/GENIAL). Liberada por Nidera en 2000. Su espiga es compacta, corta, densa y posee glumas y raquis muy fino y liviano.

Klein Chajá: (pedigrí: NINJING/3/BUC’S’//H697/DKBL). Liberada en 2002. Su espiga es larga, laxa con alto número de espiguillas y granos por espiga. La estructura de chaff es pesada.

Tipo de Población: Biparental; Líneas endocriadas recombinantes.

Tamaño de la Población: 80 genotipos

Origen: EEA INTA Balcarce. Grupo de trabajo de la Dra. Ana Clara Pontaroli

Plataforma de genotipado: Axiom® 35K SNP Wheat Breeder’s Array (Affimetrix)

Figura descriptiva de la población tomada de Alonso et al., 2021

Caracteres fenotipados en la población hasta el momento y sobre los cuales se realizó la búsqueda de QTL

AP: Altura de planta.

DF: Días de siembra a floración.

FEm = Fertilidad de Espiga a madurez (granos/ gr CH-BLUPs).

PMG: Peso de mil Granos (g).

Resultados del mapeo de QTL en la población Baguette 10 x Klein Chajá

Carácter	Localidad	Año	Ambiente	Unidad Exp.	Cromosoma	Marcador Pico	Posición (cM)	LOD	Donor (1)	Efecto aditivo (2)	R²	Gen Candidato
PMG	Balcarce	2016	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	1A	AX-94995317	21,91	4	B10	1,86	0,16	_
PMG	Balcarce	2015	Campo	Parcela	1B	AX-95190390	23,21	3,4	B10	1,13	0,13	_
FEm	Balcarce	2016	Campo 1.ª fecha siembra	Surco	1B	{AX-94450773, AX-94383420, AX-94526379, AX-94545824, AX-94533843}:{AX-94580006, AX-94572866, AX-94897165, AX-94518238}	37,31	4,1	KCH	5,81	0,2	_
DF	Balcarce	2016	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	1B	{AX-95630094}:{AX-94768738}	96,61	5,97	B10	1,09	0,2	_
DF	Balcarce	2016	Campo 1.ª fecha siembra	Surco	1B	{AX-95105440}	125,01	2,52	B10	0,85	0,09	_
FEm	Balcarce	2014	Campo	Parcela	1D	AX-94807169, (AX-94897619)	0,01	3,06	B10	3,68	0,12	_
DF	Balcarce	2014	Campo	Parcela	2A	AX-94910420	122,51	3,56	B10	1,31	0,1	_
DF	Balcarce	2016	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	2A	AX-94910420	122,51	2,75	B10	0,69	0,08	_
DF	Balcarce	2013	Campo	Parcela	2A	AX-94520484	123,21	3,51	B10	1,13	0,16	_
FEm	Balcarce	2014	Campo	Parcela	2B	AX-94396682	32,61	2,96	B10	4,19	0,16	_
FEm	Marcos Juárez	2017	Campo	Parcela	2B	AX-95097760	110,01	3,26	B10	4,23	0,11	_
FEm	Balcarce	2016	Campo 1.ª fecha siembra	Surco	2D	AX-94823670	138,61	3,21	B10	5,76	0,22	_
FEm	Balcarce	2016	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	2D	AX-94850234, (AX-95232269), (AX-94772717), (AX-94517735), (AX-94496067), (AX-94816080), (AX-94501170), (AX-94470389)	150,41	5,2	B10	9,15	0,17	_
FEm	Balcarce	2015	Campo	Parcela	2D	AX-94850234, (AX-95232269), (AX-94772717), (AX-94517735), (AX-94496067), (AX-94816080), (AX-94501170), (AX-94470389)	150,41	5,2	B10	6,46	0,14	_
FEm	BLUP	_	_	_	2D	AX-94850234, (AX-95232269), (AX-94772717), (AX-94517735), (AX-94496067), (AX-94816080), (AX-94501170), (AX-94470389)	150,41	2,72	B10	5,08	0,12	_
PMG	Balcarce	2015	Campo	Parcela	2D	AX-94850234, (AX-95232269), (AX-94772717), (AX-94517735), (AX-94496067), (AX-94816080), (AX-94501170), (AX-94470389)	150,41	4,28	KCH	1,79	0,07	_
PMG	BLUP	_	_	_	2D	AX-94850234, (AX-95232269), (AX-94772717), (AX-94517735), (AX-94496067), (AX-94816080), (AX-94501170), (AX-94470389)	150,41	3,58	KCH	1,82	0,12	_
PMG	Balcarce	2016	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	2D	AX-94850234, (AX-95232269), (AX-94772717), (AX-94517735), (AX-94496067), (AX-94816080), (AX-94501170), (AX-94470389)	150,41	2,53	KCH	2,33	0,09	_
PMG	Balcarce	2014	Campo	Parcela	2D	AX-94850234, (AX-95232269), (AX-94772717), (AX-94517735), (AX-94496067), (AX-94816080), (AX-94501170), (AX-94470389)	150,41	3,94	KCH	3,11	0,13	_
PMG	Balcarce	2016	Campo 1.ª fecha siembra	Surco	2D	AX-94850234, (AX-95232269), (AX-94772717), (AX-94517735), (AX-94496067), (AX-94816080), (AX-94501170), (AX-94470389)	150,41	5,06	KCH	3,23	0,15	_
PMG	Balcarce	2017	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	2D	AX-94850234, (AX-95232269), (AX-94772717), (AX-94517735), (AX-94496067), (AX-94816080), (AX-94501170), (AX-94470389)	150,41	4,54	KCH	3,36	0,13	_
FEm	Balcarce	2017	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	4A	AX-94966306	22,91	3,01	B10	3,19	0,11	_
FEm	Marcos Juárez	2017	Campo	Parcela	4A	AX-94674955	23,61	3,23	B10	4,02	0,11	_
DF	BLUP	_	_	_	4B	AX-95249462	7,61	2,54	KCH	0,43	0,09	_
AP	Balcarce	2015	Campo	Parcela	4D	Rht-D1	13,01	8,67	B10	10,21	0,4	Rht-D1
AP	Balcarce	2017	Campo 1.ª fecha siembra	Surco	4D	Rht-D1	16,01	9,11	B10	8,62	0,45	Rht-D1
AP	BLUP	_	_	_	4D	Rht-D1	17,01	5,15	B10	5,62	0,2	Rht-D1
AP	Balcarce	2014	Campo	Parcela	4D	Rht-D1	18,01	6,84	B10	7,3	0,3	Rht-D1
AP	Marcos Juárez	2017	Campo	Parcela	4D	Rht-D1	23,01	6,86	B10	6,73	0,29	Rht-D1
AP	Balcarce	2017	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	4D	Rht-D1	23,01	3,84	B10	5,35	0,13	Rht-D1
AP	Balcarce	2013	Campo	Parcela	4D	Rht-D1	24,61	6,15	B10	5,61	0,2	Rht-D1
PMG	Marcos Juárez	2017	Campo	Parcela	4D	AX-94646444	102,11	3	B10	2,52	0,31	Rht-D1
AP	BLUP	_	_	_	5A	AX-94927881	104,41	3,18	KCH	3,4	0,08	_
DF	Marcos Juárez	2017	Campo	Parcela	5A	{AX-94730618}:{AX-94859739}	128,41	4,02	B10	2,16	0,11	_
DF	Balcarce	2016	Campo 1.ª fecha siembra	Surco	5A	{AX-94945628}:AX-94428215, AX-94420428	141,01	3	B10	0,83	0,09	_
PMG	Balcarce	2014	Campo	Parcela	5A	Vrn-A1	153,21	3,7	B10	1,64	0,14	_
PMG	BLUP	_	_	_	5A	Vrn-A1	155,71	3,34	B10	0,92	0,13	_
DF	Balcarce	2017	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	5A	{AX-94423469, AX-94645340}:{AX-95629610, AX-94987657}	178,81	4,03	B10	1,39	0,13	_
DF	Balcarce	2015	Campo	Parcela	5A	{AX-94423469, AX-94645340}:{AX-95629610, AX-94987657}	182,61	4,75	B10	0,92	0,18	_
DF	Balcarce	2017	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	5B	AX-94414150	8,01	3,74	B10	1,29	0,11	_
FEm	Balcarce	2015	Campo	Parcela	5B	AX-95210238, (AX-94897804)	10,21	3,1	KCH	2,92	0,11	_
FEm	Balcarce	2014	Campo	Parcela	5B	AX-95210238, (AX-94897804)	11,21	2,69	KCH	3,54	0,11	_
AP	BLUP	_	_	_	5B	AX-95229346	33,61	5,85	B10	5,26	0,16	_
AP	Balcarce	2017	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	5B	AX-95229346	33,61	3,69	B10	4,75	0,11	_
PMG	Marcos Juárez	2017	Campo	Parcela	5B	AX-95229346	33,61	3,62	B10	1,83	0,17	_
FEm	BLUP	_	_	_	5B	AX-95229346	33,61	2,88	KCH	2,52	0,11	_
FEm	Marcos Juárez	2017	Campo	Parcela	5B	AX-95229346	33,61	3,03	KCH	3,97	0,1	_
AP	Balcarce	2014	Campo	Parcela	5B	AX-95631111	48,91	4,36	B10	5,3	0,15	_
AP	Balcarce	2013	Campo	Parcela	5B	AX-95631111	50,81	4,4	B10	4,73	0,14	_
AP	BLUP	_	_	_	5B	AX-94831861	114,41	3,46	KCH	3,86	0,1	_
FEm	BLUP	_	_	_	6A	AX-94956725	35,71	2,53	B10	2,81	0,16	_
FEm	Balcarce	2016	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	6A	AX-94956725	43,71	2,67	B10	3,98	0,13	_
AP	Balcarce	2014	Campo	Parcela	6A	AX-95189985	55,61	2,97	KCH	4,23	0,1	_
AP	Marcos Juárez	2017	Campo	Parcela	6A	AX-95189985	58,61	3,03	KCH	4,72	0,14	_
DF	Balcarce	2016	Campo 1.ª fecha siembra	Surco	6A	AX-95189985	60,61	4,18	KCH	1,03	0,12	_
DF	Balcarce	2013	Campo	Parcela	6A	AX-95189985	60,71	3,36	KCH	1,09	0,13	_
DF	Marcos Juárez	2017	Campo	Parcela	6A	AX-95189985	60,71	2,62	KCH	1,77	0,07	_
AP	Balcarce	2017	Campo 1.ª fecha siembra	Surco	6A	AX-94444906	79,31	3,6	KCH	4,35	0,1	_
DF	Balcarce	2014	Campo	Parcela	6A	AX-94444906	81,01	3,66	KCH	1,31	0,11	_
DF	Balcarce	2017	Campo 1.ª fecha siembra	Surco	6A	AX-94444906	93,11	2,59	KCH	1,3	0,22	_
DF	Balcarce	2015	Campo	Parcela	6A	AX-94444906	98,11	4,03	KCH	1,28	0,36	_
FEm	Balcarce	2017	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	6B	{AX-95009966, AX-94711773, AX-94408662}:{AX-94810169_6B}:{AX-94638771, AX-94805681, AX-95084487, AX-94399591}	39,61	2,69	KCH	3,05	0,1	_
DF	Balcarce	2014	Campo	Parcela	6B	AX-94509919, (AX-94451862), (AX-95148946)	136,91	3,06	KCH	1,38	0,11	_
DF	Balcarce	2017	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	6D	{AX-94532403, AX-94511297, AX-94422473, AX-94889337}	236,01	2,95	KCH	1,14	0,09	_
FEm	Balcarce	2015	Campo	Parcela	7A	AX-94698211, (AX-95217657)	69,41	5,91	B10	4,35	0,22	_
PMG	Balcarce	2016	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	7A	AX-94698211, (AX-95217657)	75,41	3,67	KCH	1,64	0,19	_
PMG	BLUP	_	_	_	7A	AX-94698211, (AX-95217657)	78,41	3,18	KCH	1,07	0,18	_
FEm	Marcos Juárez	2017	Campo	Parcela	7A	{AX-94430036, AX-95221536}	109,91	3,56	B10	4,24	0,12	_
AP	Balcarce	2013	Campo	Parcela	7B	{AX-95178394}:{AX-94451941, AX-94449644}	78,21	3,24	KCH	3,88	0,1	_
AP	Balcarce	2014	Campo	Parcela	7B	{AX-95178394}:{AX-94451941, AX-94449644}	78,21	2,98	KCH	3,96	0,09	_
DF	Balcarce	2015	Campo	Parcela	7B	{AX-95230468, AX-94434344}	97,81	3,68	B10	0,72	0,12	_
DF	Balcarce	2014	Campo	Parcela	7B	{AX-95230468, AX-94434344}	99,81	4,15	B10	1,46	0,14	_
DF	Marcos Juárez	2017	Campo	Parcela	7B	{AX-95230468, AX-94434344}	101,81	3,86	B10	2,58	0,16	_
DF	Balcarce	2017	Campo 1.ª fecha siembra	Surco	7B	{AX-95230468, AX-94434344}	101,81	3,72	B10	1,12	0,17	_
DF	BLUP	_	_	_	7D	AX-94435697	0,01	4,86	B10	0,59	0,17	_
DF	Marcos Juárez	2017	Campo	Parcela	7D	AX-94435697	4,01	5,25	B10	2,87	0,21	_
DF	Balcarce	2013	Campo	Parcela	7D	AX-94435697	8,01	2,83	B10	1,29	0,21	_
DF	Balcarce	2016	Campo 1.ª fecha siembra	Surco	7D	AX-94435697	9,01	4,95	B10	1,49	0,28	_
DF	Balcarce	2016	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	7D	AX-94435697	10,01	4,78	B10	1,37	0,33	_
DF	Balcarce	2015	Campo	Parcela	7D	AX-94435697	13,01	6,74	B10	1,35	0,41	_
DF	Balcarce	2017	Campo 2.ª fecha siembra	Surco	7D	AX-94435697	15,01	3,27	B10	1,99	0,27	_
AP	Balcarce	2015	Campo	Parcela	UNL	AX-94621575	18,01	3,56	KCH	7,23	0,2	_

(1) Padre donador del alelo que incrementa los valores fenotípicos observados, KCH = Klein Chajá y B10 = Baguette 10. (2) El efecto aditivo se expresa en unidades del carácter medido

Referencias

Alonso, M. P., Vanzetti, L. S., Crescente, J. M., Mirabella, N. E., Panelo, J. S., & Pontaroli, A. C. (2021). QTL mapping of spike fertility index in bread wheat. Crop Breeding and Applied Biotechnology, 21(1). https://doi.org/10.1590/1984-70332021v21n1a3
Mirabela, N. E., Abbate, P. E., Ramírez, I. A., & Pontaroli, A. C. (2015). Genetic variation for wheat spike fertility in cultivars and early breeding materials. The Journal of Agricultural Science, 154(1), 13–22. https://doi.org/10.1017/s0021859614001245

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