Cargando Trigueros ...

Tampón de borato de sodio

MÉTODOS

TAMPÓN DE BORATO DE SODIO (SB)

En la electroforesis de ADN, la elección del tampón (buffer) o medio conductor es crítica y tiene consecuencias en el rendimiento, la resolución de los fragmentos y el costo económico y de tiempo. El tampón de borato de sodio (SB) posibilita una corrida electroforética más rápida a voltaje más alto y con menor producción de calor que los sistemas basados en Tris. Un medio conductor basado en sodio con borato como contraión provee mejor resolución que Tris borato EDTA (TBE) y Tris acetato EDTA (TAE).

La electroforesis de ADN y ARN ha cambiado poco a partir de la de proteínas, la misma, está restringida por TAE y TBE que generan costos superiores, producción de calor en exceso y limitaciones de voltaje y velocidad en las corridas. Tris fue establecido como el catión de uso en electroforesis, incluye EDTA que persiste en protocolos para ADN de forma innecesaria. El EDTA debería prevenir la desnaturalización, pero su contenido de sodio es parcialmente responsable de aquella. Los investigadores se refieren a los medios conductores como tampones, Tris y borato son tampones electroforéticos, pero el acetato no lo es. El término tampón en electroforesis de ADN no es un asunto de tamponamiento, sino un tema de distribución del campo eléctrico durante un periodo de tiempo. Se confunde el concepto de medio conductor con el de tampón (Brody y Kern, 2004a).

Imagen:  Laboratory Equipment in Science Research Lab de Olivier Le Queinec 

A voltaje constante TAE y TBE producen un bucle de retroalimentación positiva elevando la temperatura y la conductividad del medio conductor durante la electroforesis, los iones de sodio y la alta cantidad de iones Tris generan un exceso de corriente e imposibilitan correr geles a voltajes altos. El calor causa difusión de la muestra, convección, desnaturalización, y afecta la integridad del gel. Debido al agotamiento iónico rápido, los medios con cloruro de sodio producen una barrera salina asociada a una zona de deformidad en la movilidad en el gel. El cloruro de baja molaridad es adecuado para la resolución del ADN, pero no mitiga el bucle de retroalimentación.

Al incluir un anión no cloruro, otros aniones previenen la barrera salina sin requerir de un reservorio más grande o de recirculación del medio. Un anión excepcional es el borato de sodio, funciona muy bien en casi todas las condiciones electroforéticas para tamaños de fragmentos de ADN de 20 a 3.000 pb según el fabricante (Faster Better Media LCC). Puede ser corrido a tres o cinco veces la velocidad de TAE o TBE debido a su bajo calentamiento (Brody y Kern, 2004a). Al disminuir la corriente en el tiempo se evidencia que un electrolito migró tanto que no puede transportar corriente desde un electrodo al otro, SB presenta un agotamiento de electrolitos a voltaje constante a las 3 horas frente a TAE y TBE que presentan agotamiento de electrolitos en 1 hora de corrida. El ácido bórico del medio puede ser usado para corridas más largas sin recirculación.

SB puede mitigar el bucle de retroalimentación positiva. También permite mejor control de temperatura, portabilidad y conveniencia al reducir los requisitos de tensión y amperaje, mejor tasa de agotamiento de electrolitos y menor necesidad de disipar el calor (Brody y Kern, 2004b).

Tampón SB 20x – pH 8

H2O bidestilada:                              800 ml

Hidróxido de sodio (NaOH):          8 g

Ácido Bórico (H3BO3):                    45 g

 

1. Preparar 800 ml de H2O bidestilada en un contenedor.

2. Agregar 8 g de NaOH.

3. Agregar 45 g de H3BO3 y mezclar hasta disolver totalmente los sólidos.

4. Ajustar el pH hasta 8 – 8,3 con ácido bórico o hidróxido de sodio.

5. Llevar la solución a 1 litro agregando H2O bidestilada.

Referencias

Scroll to Top